מודול התרופות בFHIR מורכב מאוסף של פרופילים ותהליכים, כאשר כל פרופיל נועד לייצג מטרה אחרת בתהליך הקשור לתרופות. השימוש במספר פרופילים במודול זה מאפשר מעקב אחרי התרופה במספר תרחישים עסקיים עוקבים: הבקשה לתרופה במרשם, ניפוק התרופה, מתן התרופה וכו'. ב- FHIR, עיקרון זה נקרא workflow והוא מאפשר מעקב וניטור בצורה מסונכרנת של פעילויות שונות בתהליכים מורכבים שונים. כך לדוגמא ניתן לעקוב באופן משורשר אחרי תרופה שניתנה במרשם, נופקה בקהילה ונלקחה ע"י המטופל; או אחרי תרופה שניתנה כהוראה בבית החולים ותועדה בביצוע.